Actualmente el diagnóstico en los recién nacidos se hace con medición directa del virus (carga viral, presencia de antígenos) ya que la detección de anticuerpos (defensas) puede dar lugar a equívocos puesto que los niños pueden tenerlos porque hayan pasado desde la madre, sin que esto signifique que estén infectados. La presencia de virus en la sangre se considera diagnóstica de infección.
Hay que repetir la prueba en el seguimiento puesto que cantidades muy pequeñas de virus pueden no detectarse en una primera prueba. Se repetirá el test a las seis semanas y a los seis meses. A los 18 meses ser realizará una prueba para detectar anticuerpos (en caso de estar presentes ya se consideraran como propios del niño e indicarían infección). Hasta este momento no se puede decir con absoluta certeza que el niño no haya sido contagiado.
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